Frisenberg kendes bedst for sin doktorafhandling, 'Den antike Skepticisme', der gav anledning til sønderlemmende kritik, frem for alt af Frederik Nutzhorn.

Om afhandlingen skriver Rasmus Nielsen i øvrigt i sine erindringer fra tiden på Regensen: "Hans Afhandling var nok meget tynd. Man mente at hans Doctorgrad skulde trumfes igennem og at Rasmus Nielsens ansete Navn var for godt til at bruges som Løftestang, for at en saadan Ubetydelighed som Erik Frisenberg skulde hæves op til Doctorværdigheden. En dengang vel kjendt yngre Dr. Phil. besluttede sig til at møde ved Disputatsen og afklæde Erik Frisenberg saa grundigt og tumle saaledes med ham, at det skulde blive en academisk Skandale, om han derefter fik Doctorgraden. - I de nærmeste Dage før Disputatsen var Erik Frisenberg meget forknyt. Man kunde have kjøbt hans Liv for fire Skilling. Men saa havde han det uhyre store og uventede Held, at den omtalte Dr. Phil., hvem man allerede havde tillagt navnet "Eriksbane", Dagen før Disputatsen blev heftig syg og var aldeles ude af Stand til at give Møde. Følgen blev, at Erik Frisenberg overstod Disputatsen, om end kun paa en meget tarvelig Maade og blev creeret til Dr. philosophiæ." (Rasmus Nielsen, Regensen: Erindringer fra 1858-62, pp. 46-47)